太和元年（366年）十月，司馬昱進位丞相、錄尚書事，賜“入朝不趨，贊拜不名，劍履上殿”的榮譽，又賜羽葆、鼓吹及持班劍的武士六十人，司馬昱又堅決辭讓。18

    太和四年十一月二十五日（370年），在桓溫北伐失敗后，司馬昱與桓溫在涂中會面，共同商議之后的行動。19

    登基為帝

    太和六年十一月十五日（372年1月6日），大司馬桓溫廢司馬奕為東海王，并于同日率百官到會稽王府奉迎司馬昱，司馬昱在朝堂更換服裝，戴平頂頭巾，穿單衣，面朝東方流涕，叩拜接受皇帝的印璽綬帶，即日便即位為帝，改年號咸安。桓溫臨時住在中堂，分派兵力屯駐守衛。20

    憂憤辭世

    桓溫及后寫了講辭，打算向司馬昱陳述自己廢立皇帝的本意。但司馬昱接見他不停流淚，令桓溫戰戰兢兢，居然一句話都說不出來。21

    司馬昱雖處在帝位，垂拱無為、持守常道而已，常懼廢黜。當時，司馬昱見熒惑入太微垣，因晉廢帝被廢時亦有同樣天象，故此十分不安，對桓溫親信也是自己昔日僚屬的郗超問桓溫會否再行廢立之事。郗超斷言道：“大司馬正在對內穩定國家，對外開拓江山，臣愿用全家百余口來擔保，不會發生不正常的事變。”等到郗超急于請假回去看望他的父親（郗愔，忠于晉室）時，司馬昱說：“告訴尊父，宗族國家之事，竟到了這種地步，是因為朕不能用道德去匡正守衛的緣故，慚愧慨嘆之深，怎能用語言來表達！”接著便詠庾闡之詩：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”吟誦得潸然淚下，打濕了衣襟。22

    司馬昱也因而憂憤得病。

    咸安二年七月甲寅（372年9月7日），司馬昱因病重召桓溫入朝輔政，一天一夜連發四道詔令，桓溫都推辭不到。23

    二十八日（9月12日），司馬昱立司馬曜為太子。臨終前，司馬昱寫了遺詔，要桓溫依周公先例居攝，又寫道：“少子可輔者輔之，如不可，君自取之。”王坦之在司馬昱面前親手撕毀遺詔，司馬昱說：“晉室天下，只是因好運而意外獲得，你又對這個決定有什么不滿呢！”王坦之卻說：“晉室天下，是宣帝（司馬懿）和元帝（司馬睿）建立的，怎由陛下獨斷獨行！”司馬昱于是命王坦之改寫遺詔，寫道：“家國事都稟報給大司馬，如諸葛武侯（諸葛亮）、王丞相（王導）的舊例。”桓溫看到后大失所望。同日，司馬昱在東堂駕崩，享年五十三歲。十月初八（11月19日），葬于高平陵，24

    廟號太宗，謚號簡文皇帝。

    為政舉措

    政治

    司馬昱即位為帝后，桓溫主控朝政，一步步要消滅反對勢力，首先要對付的就是行徑囂張的司馬昱同父異母兄司馬晞。司馬昱即位不久，桓溫就誣陷司馬晞謀反將其免官，及后逼令新蔡王司馬晃自誣與司馬晞及殷涓、庾倩等人謀反，以求翦滅陳郡殷氏和穎川庾氏在朝中的勢力。隨后桓溫指示御史中丞司馬恬奏請司馬昱依法處死司馬晞，司馬昱不肯，下令再作議論。